После инфицирования, ВГC гематогенным путем попадает в гепатоциты, где преимущественно и происходит его репликация. Поражение клеток печени обусловлено прямым цитопатическим действием компонентов вируса или вирусспецифических продуктов на клеточные мембраны и структуры гепатоцита и иммунологически опосредованным (в том числе аутоиммунным) повреждением, направленным на внутриклеточные антигены ВГC. Течение и исход ВГC (элиминация вируса или его персистенция) определяются прежде всего эффективностью иммунного ответа макроорганизма. При острой фазе инфекции уровень РНК ВГC достигает высоких концентраций в сыворотке крови в течение первой недели после инфицирования. При ОГС (как у людей, так и в эксперименте) специфический клеточный иммунный ответ запаздывает как минимум на 1 мес, гуморальный - на 2 мес, то есть вирус "опережает" адаптивный иммунный ответ. Развитие желтухи (следствие Т-клеточного повреждения печени) редко регистрируют при ОГС. Примерно через 8-12 нед после инфицирования, когда возникает максимальное увеличение активности аланинаминотрансферазы (АЛТ) в крови, происходит снижение титра РНК ВГC. Антитела к вирусу гепатита C (антиВГC) определяются несколько позже и могут вообще отсутствовать, а их появление не означает окончания инфекции. У большинства больных развивается ХГС с относительно стабильной вирусной нагрузкой, которая на 2-3 порядка ниже, чем в острой фазе инфекции. 20-50% больных выздоравливают. Исчезновение вируса из печени и, возможно, из других органов происходит позднее, чем из крови, так как возврат вирусемии обнаруживают у некоторых пациентов и у подопытных шимпанзе даже через 4-5 мес после того, как РНК ВГC перестала определяться в крови. До сих пор неизвестно, исчезает ли вирус из организма окончательно. Почти у всех спонтанно выздоровевших от ОГС пациентов можно наблюдать сильный поликлональный специфичный ответ Т-клеток, что убедительно доказывает зависимость между длительностью и силой специфического клеточного иммунного ответа и благоприятным исходом болезни. Напротив, клеточный иммунный ответ у пациентов с хронической инфекцией ВГC обычно слабый, узкофокусный и/или непродолжительный. Факторы вируса и хозяина, обусловливающие неспособность иммунного ответа контролировать инфекцию ВГC, изучены недостаточно. Известен феномен ускользания из-под контроля иммунного ответа хозяина, который обусловлен высокой мутационной изменчивостью генома ВГC, результатом чего будет способность вируса к длительной (возможно, пожизненной) персистенции в организме человека.
При инфекции ВГC возможно появление разнообразных внепеченочных поражений, обусловленных иммунопатологическими реакциями иммунокомпетентных клеток, которые реализуются либо иммуноклеточными (гранулематоз, лимфомакрофагальные инфильтраты), либо иммунокомплексными реакциями (васкулиты различной локализации).