В большинстве наблюдений благоприятный. При возникновении заболеваний следует помнить о сниженных резервах аномальных почек и верхних мочевых путей. Особую опасность они приобретают при врождённой единственной почке. Прогноз благоприятен и при своевременной оперативной коррекции врождённого ГНФ и пузырно-мочеточникового рефлюкса. Поликистоз почек в силу прогрессирующего сдавления почечной паренхимы, присоединения артериальной гипертензии и артериолосклероза, хронического пиелонефрита с исходом в сморщивание может в разные сроки приводить к прогрессирующей почечной недостаточности и ранней смерти больного.