В настоящее время прогноз СКВ значительно улучшился: 5летняя выживаемость достигает 86-95%, 10летняя - 70-80%, 20летняя - 60-70%. Тем не менее, смертность при СКВ в 3 раза выше, чем в популяции.
К факторам неблагоприятного прогноза относят поражение почек (особенно диффузный пролиферативный гломерулонефрит), АГ, мужской пол, начало заболевания в возрасте до 20 лет, сопутствующий АФС, высокую активность заболевания, высокие значения индекса повреждения, присоединение инфекции, осложнения лекарственной терапии.