С первых лет создания института все гигиенические подразделения и клиника были тесно связаны с промышленными предприятиями, решая задачи оздоровления условий труда, сохранения и укрепления здоровья трудовых коллективов. Сотрудники проводили свои наблюдения и исследования на производствах, где особо остро стояла задача по борьбе с вредными факторами производственной среды и трудового процесса. Научные исследования и практические разработки шли в русле двух направлений - отраслевом и факторном.
Планирование, координация и выполнение работ отраслевого характера шло при активном участии лаборатории гигиены труда в отдельных отраслях промышленности (ранее - лаборатории производственных исследований). Лабораторией руководили ученые, известные как в нашей стране, так и за рубежом: академик АМН СССР Л. К. Хоцянов, профессора З. Б. Смелянский, П. М. Ватрин, Н. П. Кокорев, А. А. Каспаров, Е. Н. Марченко, Ю. Л. Егоров, Ю. Г. Широков, в настоящее время руководитель - д.м.н. Н. П. Головкова.
В довоенные годы и годы Великой Отечественной войны был накоплен большой опыт клинико-гигиенических и физиологических исследований на машиностроительных и металлургических заводах, химических производствах. В первые послевоенные годы в связи с высокой заболеваемостью силикозом в горнорудной промышленности проведены исследования на золотодобывающих предприятиях (Балейзолото, Березовский рудник и др.). Была выявлена прямая зависимость заболеваемости силикозом и силикотуберкулезом от концентраций пыли и содержания в ней свободной двуокиси кремния, стажа работы, медико-санитарного обслуживания работающих, что послужило основанием для правительства подготовить к принятию Постановление по борьбе с силикозом в горнорудной промышленности (1946), сыгравшее исключительную роль в снижении заболеваемости силикозом в горнорудной и других отраслях промышленности.