С момента организации института его клинический отдел возглавлял И. Г. Гельман. В начале отдел располагал отделениями на 70 коек (терапевтическое, нервное и хирургическое), рентгеновским кабинетом и четырьмя лабораториями: общеклинической, химической, биохимической и патологоанатомической. Связующим звеном лечебной и санитарной части института была поликлиника, отличающаяся от обычного типа поликлиник организацией при ней группы санитарных врачей и сестер для обследований санитарного состояния промышленных предприятий.
В 1923 г. был представлен первый официальный список профессиональных заболеваний, включающий 15 нозологических форм, и уже в 1924 г. подготовлен и утвержден НКЗ РСФСР приказ о проведении периодических медицинских осмотров работающих, подвергающихся воздействию вредных факторов.
Уже к концу 20-х годов клиницистами были заложены основы и разработана методология изучения профессиональных заболеваний. Результаты научных исследований в ведущих отраслях промышленности были обобщены в ряде руководств. В 1927 г. опубликовано руководство для врачей «Гематология», проф. Е. О. Фрейфельд. В 1928 г. издана книга под редакцией И. Г. Гельмана «Профессиональные токсикозы», посвященная описанию клинической картины и оказанию лечебной помощи при отравлениях ртутью, нитробензолом и динитробензолом, анилином, бензолом и другими промышленными ядами. В том же 1928 г. опубликована монография «Пневмокониозы и туберкулез», написанная клиницистами (Гельман И. Г., Карпиловский Д. А.) и сотрудником рентгенологического кабинета Л. Л. Гольстом.
В помощь практическому здравоохранению в 1936 г. издано первое руководство для врачей «Профессиональные болезни» под редакцией И. Г. Гельмана.