Судебно-медицинская экспертиза осуществляется по постановлению следователя, прокурора, лица, производящего дознание, или по определению суда. Она регламентируется действующим законодательством Российской Федерации (Уголовный, Гражданский, Уголовно-процессуальный и Гражданский процессуальный кодексы), Федеральным законом «О государственной судебно-экспертной деятельности в Российской Федерации», а также инструкциями и приказами Министерства здравоохранения и социального развития Российской Федерации.
Судебно-медицинскую экспертизу имеет право проводить только гражданин Российской Федерации, имеющий высшее профессиональное образование и прошедший последующую подготовку по конкретной экспертной специальности. Он не должен находиться в какой-либо зависимости от органа или лица, назначившего экспертизу, и от других лиц, заинтересованных в исходе дела. В производстве судебно-медицинской экспертизы не может участвовать врач, ранее оказывавший медицинскую помощь потерпевшему или подозреваемому, а также прямо или косвенно заинтересованный в исходе дела в силу родственных, служебных связей и т.д.
Эксперт не может принимать участие в производстве по уголовному делу, если обнаружится его некомпетентность (ст. 70 УПК РФ).
Чаще всего экспертизу проводят государственные судебные эксперты - аттестованные работники государственного судебно-экспертного учреждения в порядке исполнения своих должностных обязанностей. Однако законодательство предусматривает возможность ее проведения врачом любой специальности, в частности, когда невозможно вызвать штатного судебно-медицинского эксперта или необходимо срочное исследование. Привлеченный для экспертизы врач называется врачом-экспертом и имеет все права и обязанности судебно-медицинского эксперта, определяемые Уголовно-процессуальным кодексом (УПК) РФ. Поэтому система высшего медицинского образования включает курс судебной медицины.