Проблема новых искусственных (синтезированных генно-инженерными или химическими методами) вакцин чаще всего воспринимается и трактуется подобно проблемам искусственных гормонов, витаминов, антибиотиков, которые складываются из трех основных звеньев: выявление биологически активного соединения, расшифровка его молекулярной структуры и искусственный синтез (ресинтез). Третье звено осуществляется или чисто химическими, или генноинженерными методами. В последнем случае синтезируется кодирующая заданный белок ДНК, которая интродуцируется в клетки микроорганизмов (прокариоты и низшие эукариоты) или высших эукариот для наработки продукта биотехнологическими методами. Альтернативный вариант (обратная вакцинология): расшифровываются фрагменты генома и затем на их основе осуществляется синтез их продуктов - пептидов и белков.
Такая постановка проблемы справедлива только в отношении искусственных антигенов, но не искусственных вакцин, поскольку антиген - это всего лишь конкретное биоорганическое соединение, а вакцина - препарат, обеспечивающий развитие иммунитета, развитие невосприимчивости к возбудителю. Создание искусственного инсулина или, скажем, бактериального полисахарида, типичного для бактерий кишечной группы, - это одновременно создание искусственного антигена, ибо любой белок или полисахарид представляет собой антиген. Но искусственный антиген не есть искусственная вакцина, так как формирование иммунитета представляет собой функцию иммунной системы организма, реагирующего на введение антигена, а не функцию самого антигена. Последнее было осмыслено по-настоящему недавно. Стало ясно, что на один и тот же антиген индивидуумы одного генотипа реагируют развитием высокого иммунного ответа, в то время как другие индивидуумы развивают слабую реакцию или не реагируют совсем. И наоборот, один и тот же индивидуум высоко реагирует на одни антигены и не реагирует на другие. Именно поэтому искусственный антиген - это еще далеко не искусственная вакцина. Проблема искусственных антигенов фактически полностью решена современной биоорганической химией, поскольку любое искусственно синтезированное биоорганическое соединение суть искусственный антиген.