В соответствии с основным предметом СПЭ - юридически релевантными психическими расстройствами (состояниями) - сложилось представление о двухэтапности ее диагностики, основной целью которой является сопоставление медицинского и юридического критериев. В экспертной деятельности клиническая диагностика - лишь первый этап обоснования заключения, который позволяет утвердить или отвергнуть принадлежность психического состояния к психическому расстройству. На втором этапе на основе полученных данных о психопатологических и патопсихологических свойствах психического состояния осуществляется сопоставление имеющейся информации с требованиями психологического критерия определенной правовой категории (невменяемости, недееспособности и др.). В результате формулируется заключение о психическом состоянии лица во время совершения конкретного юридически значимого действия с обоснованием его соответствия психологическому критерию.
Каждому из этих этапов соответствует свой принцип презумпции. На первом - это принцип презумпции психического здоровья, согласно которому лицо считается психически здоровым, пока не будет доказано обратное. Данный принцип согласуется с критерием К. Шнайдера (1999), в соответствии с которым в силу возможности полного феноменологического сходства между психопатологическими и психологическими явлениями болезнью признается лишь то, что может быть таковой доказано. В свете этой установки сомнения, которые невозможно устранить, трактуются в пользу состояния, которое наиболее вероятно. Так, более вероятным является менее тяжкое психическое расстройство, и отдельные неспецифические психопатологические симптомы, которые могут иметь место и при более тяжелом расстройстве, не могут однозначно быть доказательством этой более глубокой патологии. «Польза» подэкспертного в данном контексте увязывается с наименьшим ограничением прав и свобод, т.е. наличие некоторых сомнений в психическом здоровье не может служить основанием для установления диагноза и направления в психиатрическое учреждение.