При всей очевидности клинических проявлений диагностика диспраксии всегда затруднительна, и это прежде всего связано с отсутствием или недостаточными знаниями об этом заболевании у врачей различного профиля. Диспраксия у детей чаще диагностируется в начальных классах школы. В раннем детском возрасте легкие нарушения регуляции движений практически не замечают, обычно пытаются «перевоспитать» или «натренировать» ребенка. Часто только после неудачных таких попыток родители обращаются к врачу за помощью, однако сформулировать жалобы на двигательную недостаточность у ребенка им сложно. Возможно, поэтому диспраксия у детей дошкольного возраста и называется специалистами «спрятанной проблемой».
В последние десятилетия разработаны методы диагностики диспраксии, большая часть из которых представляет собой специальные тесты, зачастую громоздкие, требующие длительной проверки, а при дефиците времени на приеме у врача их использование становится невозможным. В то же время уже имеются и объективные методы исследования функциональных нарушений двигательной сферы у детей и взрослых с применением аппаратных способов диагностики, например стабилометрия.