На Руси готовили лекарства и лечили болезни сначала знахари, а позже монахи. Они использовали минералы, настои и отвары растений. Со временем в монастырях начали собирать и систематизировать сведения о лечебных травах, создавать рукописные труды по лекарствоведению, среди них самый известный травник «Изборник Святослава» (1073).
В конце XV в. возникло феодальное Московское государство, объединившее разрозненные русские княжества. Во многих городах открыли учреждения аптечного типа - зелейные лавки. Владельцы этих лавок, зелейники, готовили и продавали порошки, мази, настойки и другие лекарства. Нередко это были высокообразованные люди, прекрасно знавшие свойства и действия лекарственных средств, в основном растений. Их знания систематизированы в рукописных книгах-травниках, или зелейниках, а также в вертоградах (вертоград - цветник, сад). Наибольшую известность получил «Благопрохладный вертоград» (1534).
В 1581 г. по указу царя Ивана IV в Москве была открыта первая аптека, которая обслуживала только царя и его придворных. Для руководства медицинским делом в начале XVII в. был создан Аптекарский приказ. В функции приказа входили заготовка лекарственных растений, обучение лекарей и специалистов по приготовлению лекарств, обеспечение армии медицинской и лекарственной помощью, проверка медицинских знаний у докторов и аптекарей, приезжавших в Россию. Во многих городах появились аптекарские огороды, где выращивали лекарственные растения.
В эпоху Петра I в фармакологии и аптечном деле произошли существенные изменения: повсеместное открытие аптек, зарождение фармацевтической промышленности, базирующейся на аптекарских огородах в Петербурге на Аптекарском острове, в Лубнах, около Полтавы. В 1701 г. Петр I издал указ о закрытии зелейных лавок и открытии в Москве 8 частных аптек. Одновременно государство ввело монополию на аптеки, устраняя конкуренцию. В XVIII в. наряду с вольными, частными, аптеками продолжали существовать и расширяться государственные. Продажа лекарственных средств была разрешена только в аптеках. В 1707 г. Аптекарский приказ преобразовали сначала в Аптекарскую канцелярию, а затем - в Медицинскую коллегию и Медицинскую канцелярию.