Патологическая анатомия составляет неотъемлемую часть клинической медицины и своими корнями уходит в глубокую древность. Как самостоятельная дисциплина она развивалась медленно в связи с тем, что вскрытие тел умерших долго было запрещено. Только в XVI в. начали вскрывать трупы казненных преступников и стали накапливаться материалы по патологической анатомии болезней. В 1761 г. вышел в свет труд итальянского анатома Дж. Морганьи (1682-1771) «О месте нахождения и причинах болезней, выявленных анатомом», основанный на результатах 700 вскрытий. Он попытался установить связь морфологических изменений с клиническими проявлениями болезней. Благодаря труду Дж. Морганьи патологическая анатомия заняла свое место среди клинических дисциплин. Большое значение для ее развития имели работы французского морфолога Ж. Крювелье (1791-1874), создавшего первый в мире цветной атлас по патологической анатомии. В середине и конце XVIII в. в Англии появились крупные исследования Р. Брайта (1789-1858), а также А. Бейля (1799-1858), внесшие большой вклад в развитие патологической анатомии. А. Бейль был автором первого наиболее полного учебника по частной патологической анатомии, переведенного в 1826 г. на русский язык врачом И. А. Костомаровым.
В XIX в. патологическая анатомия уже завоевала прочное положение в медицине. Открывались кафедры патологической анатомии в Берлине, Париже, Вене, Москве, Петербурге. Представитель венской школы К. Рокитанский (1804-1878) на основании огромного личного опыта (30 000 вскрытий за 50 лет прозекторской деятельности) создал одно из лучших в то время руководств по патологической анатомии. К. Рокитанский был последним представителем господствовавшей на протяжении веков теории гуморальной патологии человека, которая не имела научной основы.