4.1. Характеристика Ensembl
Ensembl (http://www.ensembl.org) - система для аннотации геномов, анализа, хранения и распространения информации, обеспечивающая доступ к геномной аннотации от хордовых и ключевых моделей организмов. Генерирует геномные наборы данных с помощью системы, которая предназначена для анализа, хранения и распространения информации. Действуя в качестве центра справочных и исходных данных подобно браузерам UCSC Genome Browser и RefSeq, также предоставляет наборы данных, созданные с учетом стандартов взаимодействий с разными геномными ресурсами.
Ensembl обновляет данные и программное обеспечение 4-5 раз в год. Каждый выпуск сопровождается предыдущими версиями сайта и данными BioMart data mining tool. Все публичные данные, независимо от срока хранения, доступны с FTP-сайта, сервера MySQL и репозито-рия Git.
Аннотация генов опирается на выравнивания кодирующей DNA и белков с ресурсов RefSeq и UniProt параллельно с созданием моделей транскрипции на основе данных выравнивания RNA. Регуляторные конструкции базируются на высококачественных экспериментальных данных таких проектов, как ENCODE и Roadmap Epigenomics, и способны аннотировать разнообразные наборы функций множества различных типов клеток. Представлены также ресурсы сравнительной геномики, которые строятся на основе аннотации генов для расчета эволюции генов и информации ортологии и используют геномную DNA для полногеномных попарного и множественного выравниваний последовательностей. Ресурс интегрирует разнородные источники данных (включая dbSNP, HGMD, ClinVar) и представляет их через единый интерфейс.
Основные разделы сайта
► Tools - в данном разделе представлены основные инструменты, которые позволяют работать как с собственными данными, так и с данными, размещенными на Ensembl.