Большинство микробиологических культур при наличии патогена позволяют определить рост в течение 24–36 ч. Пациенты с отрицательными бактериальными микробиологическими результатами могут иметь ложноотрицательные результаты из-за предшествующей антимикробной терапии, отсутствия бактериемии, несмотря на истинную бактериальную инфекцию или сепсис, связанный с вирусными инфекциями.
Ограничения получения стандартных культур крови включают время, необходимое для роста и последующего определения вида патогена и его чувствительности к антибиотикам, а также влияние предыдущей антимикробной терапии на диагностический результат.
В настоящее время становятся доступными молекулярно-генетические методы, позволяющие проводить более раннюю и быструю микробиологическую диагностику. По сравнению с традиционными фенотипическими методами («золотой стандарт») молекулярные методы быстрее дают результаты и демонстрируют более высокую чувствительность [16]. Эти методы позволяют в одном тесте обнаружить микст-флору (многие бактерии, вирусы, а также грибы) и идентифицировать маркеры множественной устойчивости к противомикробным препаратам. Такие методы могут позволить идентифицировать ряд патогенов задолго до того, как посев крови станет положительным, и потенциально могут определить патогены даже после проведения антимикробной терапии. Молекулярные методы, включая наиболее часто используемый — полимеразную цепную реакцию в режиме реального времени, применяются для выявления генов наиболее распространенных карбапенемаз как непосредственно в образцах биоматериала, так и у выделенных в чистой культуре микробных изолятов. Основные преимущества этих методов — высокая скорость анализа (от 1 до 3 ч), чувствительность, специфичность и возможность дифференциальной детекции карбапенемаз различных типов. Доступные в РФ в настоящее время тесты на основе полимеразной цепной реакции в режиме реального времени позволяют надежно выявлять у энтеробактерий и P. aeruginosa такие гены карбапенемаз, как KPC, OXA-48, VIM, IMP и NDM. Также с помощью молекулярно-генетических методов можно выявлять наличие генов устойчивости у Enterococcus spp. к ванкомицину — vanA и vanB, гена mecA у метициллинрезистентного золотистого стафилококка (MRSA, англ. Methicillin-resistant Staphylococcus aureus) БЛРС.
Обнаружение гена карбапенемаз молекулярными методами — «золотой стандарт», но доступно не во всех лабораториях. Ограничением молекулярно-генетических методов также является относительно высокая стоимость, невозможность обнаружения редких типов карбапенемаз, не входящих в используемую тест-систему. В этой связи важное клиническое значение приобретает постановка теста «Метод инактивации карбапенема». Особенно его модификация с ингибитором этилендиаминтетрауксусной кислоты, позволяющая дифференцировать сериновые и металло-β-лактамазы. Положительный результат теста «Метод инактивации карбапенема»/«Модифицированный метод инактивации карбапенема этилендиаминтетрауксусной кислотой» (CIM-test и mCIM/eCIM-test) при отрицательных результатах молекулярных тестов позволяет заподозрить продукцию редких или новых карбапенемаз. Чувствительность теста «Метод инактивации карбапенема» составляет 97,59%, а специфичность — 100%. Метод прост в исполнении, малозатратен и доступен для выполнения микробиологической лабораторией любого уровня. Ограничением этого метода служит необходимость выделения чистой культуры микроорганизма, длительность выполнения (18–24 ч).
В настоящее время доступные в РФ для диагностического использования молекулярно-генетические тест-системы позволяют выявлять только гены наиболее распространенных БЛРС (группы CTX-M-1-, CTX-M-2- и CTX-M-9-родственных ферментов), но не позволяют дифференцировать мутантные варианты SHV и TEM с расширенным спектром активности. Также эти методы не позволяют оценить фенотипическую экспрессию выявляемых генов. Молекулярно-генетические тест-системы следует рассматривать как важный инструмент, дополняющий, но не заменяющий традиционные фенотипические методы определения чувствительности микроорганизмов.
Помимо гемокультивирования, у пациента обязательно должен проводиться по показаниям сбор других биологических образцов для выявления патогенов из непосредственных очагов инфекции (например, моча, спинномозговая жидкость, мокрота/трахеальный аспират/бронхоальвеолярный лаваж, перитонеальная жидкость, содержимое дренажей и др.). Из таких образцов вероятность идентифицировать патоген выше, чем из культуры крови [17].
Рациональный выбор эмпирического режима антимикробной терапии невозможен без современных знаний об этиологической структуре инфекций и антибиотикорезистентности возбудителей, которые могут различаться в конкретных клинических ситуациях. Выбор эмпирического режима антимикробной терапии должен быть обоснован с учетом следующих факторов:
- условия возникновения инфекции (внебольничная или нозокомиальная);
- локализация инфекции, определяющая наиболее вероятных возбудителей;
- факторы риска полирезистентных возбудителей.
Согласно предложенной стратификации госпитализированных пациентов с инфекцией, с учетом риска полирезистентных возбудителей и инвазивного кандидоза пациенты подразделяются на четыре типа, каждый из которых имеет свои особенности.
- Тип I. Внебольничные инфекции без факторов риска полирезистентных возбудителей.
- Тип II. Внебольничные инфекции с факторами риска полирезистентных возбудителей (риск БЛРС среди энтеробактерий, а также устойчивая к фторхинолонам урогенитальная кишечная палочка, полирезистентные пневмококки).
- Тип III. Нозокомиальные инфекции. Подтипы а и b:
- IIIa: вне отделения реанимации и интенсивной терапии (ОРИТ), без предшествующего применения антимикробных препаратов (риск БЛРС);
- IIIb: длительная госпитализация (>7 дней), и/или нахождение в ОРИТ >3 дней, и/или предшествующее применение антимикробных препаратов (риск БЛРС, карбапенемрезистентных энтеробактерий и ацинетобактера, полирезистентных неферментирующих грамотрицательных бактерий (P. aeruginosa, Acinetobacter spp.), MRSA.
- Тип IV. Нозокомиальные инфекции с риском инвазивного кандидоза [18].