В статистике заболеваемости и смертности значительную часть составляют болезни, ассоциированные с инфекционным процессом. Основа эффективных лечебно-профилактических мероприятий — быстрая и качественная микробиологическая диагностика, главной и неотъемлемой частью которой является идентификация инфекционного агента. Рутинные способы микробиологической диагностики достаточно информативны, но обладают серьезным недостатком — длительностью исследования, которое может растягиваться на дни и даже недели. Этот фактор приводит к несвоевременной постановке диагноза и задержке назначения антибактериальной терапии.
Открытие современных методов идентификации микроорганизмов, таких, например, как MALDI-TOF-масс-спектрометрия, позволили медицинской микробиологии продвинуться на качественно новый уровень, когда для определения этиологического агента инфекционного заболевания могут потребоваться не дни и недели, а всего лишь несколько минут после получения роста на плотной или жидкой питательной среде. И это еще не все. Уже к настоящему времени разработаны и продолжают разрабатываться подходы к детекции чувствительности выделенных микроорганизмов непосредственно во время проведения масс-спектрального анализа. Таким образом, для получения клиницистом полной информации, включающей и идентификацию инфекционного агента, и определение его чувствительности к антибактериальным или противогрибковым препаратам, может потребоваться всего лишь несколько минут. Однако и это еще не все возможности, которые открываются перед нами благодаря времяпролетной масс-спектрометрии. В перспективе стоит разработка подходов, которые позволят проводить прямой анализ целой экологической ниши, например микробиома кишечника. Инновации делают времяпролетную масс-спектрометрию и другие формы менее затратной масс-спектроскопии все более полезными для сложного биомедицинского анализа. Текущие дополнительные методики включают среди прочего секвенирование, анализ пептидов и белков, а также биоинформатический анализ, обеспечивая высокую чувствительность, специфичность и скорость при меньших затратах.