Набор генов микроорганизмов, который обеспечивает устойчивость к противомикробным препаратам, составляет резистом. Резистом кишечника может включать в себя как условных патогенов, так и комменсалов ЖКТ.
Основой для понимания комплексного характера данного понятия стал феномен чувства кворума (англ. Quorum Sensing) - способность микроорганизмов общаться и координировать свое поведение за счет секреции молекулярных сигналов. Долгие годы в классической микробиологии разумные взаимодействия между бактериями не рассматривались всерьез; каждая бактерия рассматривалась как отдельная клетка с независимым от других поведением. В работах E.P. Greenberg впервые были описаны механизмы взаимодействия бактерий друг с другом, а также в 1994 г. автором был предложен вышеобозначенный термин «quorum sensing» [170, 171]. Более того, новым научным направлением, изучающим сложную систему «общения» микроорганизмов, стала социо-микробиология [171, 172]. Биологическая роль чувства кворума бактерий заключается в том, чтобы эта система межклеточной связи позволила отдельным микроорганизмам понимать актуальную плотность сообщества и, таким образом, регулировать экспрессию определенных генов (увеличивать или уменьшать скорость размножения). Среди других вопросов этого нового научного направления находится проблема биопленок. Биопленки представляют собой организованные сообщества бактерий на основе внеклеточного матрикса собственного производства. Как следствие формирования биопленки, бактерии в ней существуют в гетерогенной среде, более того, бактерии в разных областях биопленки могут выполнять разные функции, что придает группе микроорганизмов признаки общества. Благодаря биопленке, часть субпопуляции бактерий защищена от неблагоприятных для них воздействий окружающей среды [170, 173]. На самом деле инфекции, ассоциированные с биопленками, весьма сложно лечатся антибиотиками. Поскольку такие типы инфекций являются весьма распространенными в современной медицине, отмечен и высокий научный интерес к разработке новых методов лечения, потенциально эффективных против бактерий, ассоциированных с биопленками. Примерами таких ситуаций являются инфекции имплантированных материалов (эндопротезов, сердечных клапанов и др.), проявления муко-висцидоза в легких, отдельные формы хронических инфекций среднего уха.