В России первые детские хирургические стационары были открыты лишь во второй половине XIX в. До этого детей оперировали либо во взрослых больницах, либо в детских терапевтических отделениях.
Тем не менее еще в первых русских руководствах по хирургии (Буш И.В., 1807), оперативной хирургии (Соломон Х.Х., 1840) и педиатрии (Хотовицкий С.Ф., 1847) в отдельных главах описаны некоторые хирургические заболевания у детей и методы их лечения. В этот же период такие известные хирурги, как Н.И. Пирогов, А.А. Бобров, П.И. Дьяконов, М.С. Субботин и Н.В. Склифософский, публиковали работы, посвященные различным вопросам детской хирургии.
В 1869 г. по инициативе К.А. Раухфуса в Санкт-Петербурге было открыто первое детское хирургическое отделение при больнице им. Ольденбургского (в настоящее время - детская больница им. К.А. Раухфуса). В последующие годы в Санкт-Петербурге было открыто еще несколько хирургических отделений. Возглавляли их доктора медицины Э.К. Вааль, А.И. Шмитц и др.
В Москве первое детское хирургическое отделение было открыто в 1876 г. во Владимирской больнице, в настоящее время - Детская клиническая больница № 2 святого Владимира. Заведовать этим отделением был приглашен В.И. Иршик - детский хирург, ассистент хирургической клиники Дерптского университета. В 1887 г. открылось детское отделение в Ольгинской больнице (детская туберкулезная больница). Возглавлял работу этого отделения Л.П. Александров - крупный детский хирург того времени, профессор Московского университета. В 1897 г. было основано хирургическое отделение в Софийской больнице (в настоящее время - детская больница им. Н.Ф. Филатова), а в 1903 г. - в Морозовской. Хирургическим отделением в Софийской больнице заведовал Д.Е. Горохов - доктор медицины, известный детский хирург, педагог, читавший студентам университета курс лекций по детской хирургии. Д.Е. Горохов - автор первой в нашей стране монографии «Детская хирургия».